Запорізька Січ мала свої власні органи влади, які носили виборний характер.
Тому за своєю формою правління Січ була своєрідною козацькою республікою.
Вищим органом влади була Козацька Рада, яка за часів Нової Січі обов'язково скликалася тричі на рік
- на Новий рік,
- Великдень
- на свято Покрова Пресвятої Богородиці.
При цьому кожен козак міг зажадати скликати Раду в будь-який день. На ній розглядалися найважливіші питання військового, політичного та адміністративного характеру. Окрім загальної, проводилися також паланкові, курінні і старшинські ради.
До складу козацької старшини входили
- військова старшина — кошовий отаман, військовий суддя, військовий осавул, військовий писар та курінні отамани;
- військові служителі — підписар, булавничий, хорунжий, бунчужний, перначний, підосавул, довбиш, піддовбиш, військовий пушкар, підпушкар, гармаш, військовий товмач, військовий шафарі, підшафар, кантаржій та канцеляристи;
- похідні та паланкові начальники — полковник, писар, осавул, підписар та підосавул